各大港口集团也纷纷紧急召开疫情防控会、升级管控措施，如连云港港强化国际航行船舶进出港管理，原则上暂停国际航行船舶船员换班工作。在各大港口的严密管控措施下，疫情没有蔓延到港内，但这不代表港区生产作业不会受到影响，最令人担忧的首先是世界第一大港上海港与第四大港深圳港的生产情况。

短期内出现大量病例挑战着上海港的生产运营，上海市在迅速对重点区域进行精细管控筛查的，上港集团也在细化强化高风险岗位人员及日常工作中的各项防控措施，并应对因部分社区封控管理，造成非专班的码头作业人员被社区封控无法到港，或造成作业人员紧张的状态。

 深圳各大港口企业作为保障城市运行及供港物资货运的保障的保障型企业，目前都在正常运行。3月14日，盐田国际集装箱码头与招商局港口（华南）营运中心均发布通告，表示旗下各港区生产作业平稳有序，供港生命线依然畅通稳定，各港区会在全面做好疫情防控工作的同时，继续配合各级政府及口岸单位，保障港口生产运营。

除了深圳港与上海港外，其他港口同样需要面对疫情袭扰带来的各种挑战，如东莞市实施全市封闭式管理；太仓市临时关闭太仓港北疏港高速公路（S80）浮桥北收费站、太仓港北疏港高速公路（S80）璜泾南收费站；山东港口集团由于日前出现阳性案例，正在进一步加强防控。